La Fundación Antonio Pérez abrió sus puertas en 1998. Consta de un total de 35 salas repartidas en 4 plantas. En el museo se expone una parte de los fondos de la colección, colección que hoy cuenta con más de 4.000 obras, sin incluir la colección de Objetos encontrados de Antonio Pérez.

Además de espacios monográficos, la Fundación cuenta con muchas más salas en las que conviven diferentes artistas, desde los más consagrados o conocidos hasta los más jóvenes, así como una pequeña colección de arte africano muy llamativa.

El recorrido del museo no está pensado para hacerse de forma lineal; los fondos no están organizados ni de forma cronológica ni por artistas (a excepción de las salas monográficas que se detallan a continuación).

El montaje del museo sigue una línea puramente estética, siendo el propio Antonio Pérez quien determina dónde se ubica cada obra que ocupa las salas del museo.